闯红灯两次，被扣12分，当然是可以分开扣的。
如果你的车辆违章不多（五条以下），或者只有两次闯红灯违章，完全可以分开扣。一次扣6分，等下个记分周期开始后，再去处理另外一个闯红灯违章。
这样可以避免因在一个记分周期内扣满12分，导致驾驶证被暂扣而需要重新学习考试科目一。
闯两次红灯扣12分，可以分开扣。扣分一年为周期来进行计算，只要是在一个周期内12分可以分开进行扣除，使得一个驾照的12分不至于全部扣完，可以分多次扣除，在一个周期内。可以分多次，把扣除的分清零。所以为了不至于在一个周期内把12分全部扣完，我们在开车的时候尽量按照交规进行驾驶。避免违反相应的交通规则。
分两次处理就行了，叫另外一个人帮你扣一下，你自己不能一次扣，否则就要重新考了如果找不到人给你扣分，可以买或者完全自己解决也行，等你驾照快满一年的时候再去处理，满一年之前处理一次，满一年记分清零后再去处理一次。
闯两次红灯扣12分，驾驶证会被扣留。
如果想要拿回驾驶证需要：
1.驾驶人应当在十五日内，到机动车驾驶证核发地，或者违法行为地公安机关交通管理部门，参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。
2.机动车驾驶人参加学习后，并考试通过后，就可以拿回驾照。
